La ejecución del Programa Estado de la Nación (PEN) está fundamentada en tres principios o premisas básicas: rigurosidad académica, legitimidad social y amplitud en la difusión.

Rigor académico

La primera orientación se origina en la articulación de capacidades de investigación de instituciones, expertos y sectores de la sociedad lo que ha permitido obtener información, análisis pertinentes y de calidad sin crear estructuras complejas.

Cada año se sistematizan cerca de quinientas referencias bibliográficas para el Informe Estado de la Nación , más de seiscientas para el Informe Estado de la Región  y quinientas veinticuatro para el Informe Estado de la Educación. En total, desde el inicio de esta experiencia, se han recibido aportes de más de quinientos especialistas en los más diversos campos.

Esta práctica ha generado una corriente de análisis sobre el desarrollo humano sostenible y nuevas políticas de investigación en los ámbitos regional, nacional y subnacional.

Legitimidad social

Para obtener arraigo y legitimidad se han diseñado formas de operación que son parte fundamental del proceso de elaboración del Informe. Algunos de estos mecanismos son:

• Identificación participativa de los temas y aspectos por investigar
• Integración de un Consejo Consultivo con personalidades reconocidas por su trayectoria, sus contribuciones en asuntos del desarrollo y nexos en variados sectores de la sociedad o del gobierno
• Realización de talleres de consulta con académicos y actores de la sociedad durante la preparación de informes
• Contactos cotidianos con actores sociales y políticos en busca de nuevos mandatos de investigación
• Promoción del diálogo social sobre políticas públicas.

Amplitud en la difusión

La tercera orientación es lograr la máxima difusión de los Informes, de las otras publicaciones generadas regularmente y del Programa Estado de la Nación como tal.

Algunas características de esta estrategia son:

• énfasis en la relación directa con la sociedad costarricense mediante el desarrollo de actividades con la sociedad civil y el sector educativo
• acciones a nivel masivo mediante la promoción de publicaciones a través de los medios de comunicación y el sitio en Internet, con un elevado volumen de visitas.

El Programa Estado de la Nación atiende diversos públicos: tomadores de decisiones, organismos internacionales, sector académico, medios de comunicación, organizaciones sociales y sector educativo.